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Con la vuelta de Florentino Pérez para la temporada 2009-10, en unas elecciones a la presidencia en las que sería el único candidato al puesto, el club fichó a Cristiano Ronaldo(siendo el más caro de la historia del club por 96 millones de euros), Kaká, Karim Benzema, Xabi Alonso, Ezequiel Garay, Raúl Albiol, Álvaro Arbeloa y Esteban Granero(repescando a estos dos últimos, formados en la cantera), y como entrenador se contrata a Manuel Pellegrini, comenzando así la una nueva etapa con los mejores augurios. Sin embargo, no fue suficiente y el Real Madrid no pudo ganar ningún título en 2010, pese a haber sumado 96 puntos en la Liga, una cifra récord solo superada por los 99 del campeón. La buena temporada liguera contrasta con las tempranas eliminaciones en Copa del Rey y Liga de Campeones, siendo la sexta vez consecutiva que caía eliminado en octavos de final. Pellegrini terminó siendo destituido y vino en su lugar José Mourinho. También se marcharon dos jugadores emblemáticos: Raúl y Guti, las últimas perlas que subían de la cantera junto con Iker Casillas.

Esa termporada marcará el inicio de uno de los mejores equipos en la historia del F.C. Barcelona, el cual mantendrá con el Real Madrid algunos de los mayores y más disputados encuentros que se recuerdan desde hace tiempo, en el que el equipo blanco pone todo su esfuerzo en intentar destronar al equipo catalán como dominador actual del fútbol español, hecho que no ocurría desde los primeros años en la historia del fútbol español. Los dos equipos hacen gala de su enorme poderío, acaparando registros nunca vistos en España, y se desmarcan notablemente del resto de equipos del país, acuñando el término de "bipartidismo" o de "liga escocesa", equiparándose a ésta, donde desde hace años tan sólo dos equipos dominan lo más alto.

Trabajando por recuperar la hegemonía en España y el crédito en Europa mermado en los últimos años, el club hace un gran esfuerzo por asentar las bases de un nuevo proyecto a largo plazo con la llegada de varios fichajes en estos años como Ángel Di María, Mesut Özil, Sergio Canales, Sami Khedira, Ricardo Carvalho y José Callejón, entre otros. Se forma un equipo fuerte y competitivo para los próximos años, y así, tras 18 años, consiguen ganar la Copa del Rey de 2010-11, venciendo en la final, disputada en Mestalla, al F.C. Barcelona por 0-1 con un gol de Cristiano Ronaldo en la primera parte de la prórroga. Se trata del primer título en la segunda etapa de Florentino Pérez, al igual que el primer título de José Mourinho con el Real Madrid.

En la temporada 2011-12, el club bate dos marcas históricas en la parcela futbolística: el de mayor número de goles en una temporada de liga y en una temporada completa, con 109 y 162 goles respectivamente, superando las anteriores marcas de 107 y 157, que también poseía el club blanco; a falta de 4 partidos por disputar. El club registra una buena actuación durante la temporada. En la Copa de Europa, llegan a semifinales de la competición por segundo año consecutivo, después de quedar eliminado los anteriores seis años en la fase de octavos de final. Misma clasificación se obtendría en la Copa del Rey. Sus verdugos, serían los máximos rivales a nivel nacional y europeo: El F.C. Barcelona, y el Bayern München. En contrapartida, el equipo ganó su 32ª Liga. Además este título dejó batidos varios registros históricos; el récord de puntos obtenidos; 100, el ser el campeón más goleador; 121 tantos y ser el equipo que más victorias a domicilio a conseguido; 16.